C’est probablement durant la période de splendeur maximale, entre le XIe et le XIIe siècle, que le culte dans la grotte a atteint son apogée. Une église est construite à l’extérieur, le système d’entrée de la cavité est modifié et l’itinéraire à l’intérieur de la grotte est amélioré.
Les chemins intérieurs sont régularisés par la création d’un pavage, constitué de dalles calcaires juxtaposées de manière appropriée, qui élimine les aspérités du sol, facilitant ainsi la marche.
Actuellement, ces dalles sont presque entièrement arrachées, mais elles sont encore empilées en grande quantité dans les zones périphériques des tunnels.
Même les obstacles constitués par les grosses concrétions rocheuses présentes le long des sentiers sont renversés ; les différences de niveau les plus dangereuses sont éliminées en formant des marches grâce à la découpe minutieuse du talus rocheux.