Es probable que la progresiva decadencia del santuario fuera causada por la fundación de la nueva ciudad de Altamura, querida por el emperador Federico II de Suabia en 1236, que llevó al abandono de la antigua carretera Bari-Matera que había determinado la suerte de este santuario, en favor de un trazado más directo hacia el nuevo centro.
Tras el abandono, la iglesia de arriba cayó en ruinas; Probablemente a partir del siglo XVI-XVII lo que quedaba de sus murallas fue incorporado a la construcción de un jazzo (recinto abierto para la custodia de los rebaños) formado por grandes y largos lamioni para albergar, esta vez, pastores y animales.
Las estructuras murarias del gran jazzo y las amplias áreas cubiertas para proteger el ganado durante los períodos fríos y lluviosos son elementos peculiares de las explotaciones agrícolas acondicionadas para la cría de ganado, vinculados al fenómeno de la trashumancia también en relación con la proximidad del tratturello n. 93 Grumo-Santeramo.
El agua sigue siendo fundamental también para las funciones forestales y pastorales: una enorme cisterna, situada al este de la antigua iglesia, recoge el agua de lluvia que escurre y la canaliza desde los tejados para abrevar al ganado.
La masía del complejo de Sant’Angelo corrió una suerte similar a la de muchas otras explotaciones rurales de la zona, quedando obsoleta y progresivamente abandonada a causa de las nuevas realidades económicas y productivas surgidas en las primeras décadas del siglo XX.
Como un fósil, en recuerdo del antiguo culto, el antiguo topónimo Sant’Angelo perdura en la topografía del lugar.