Il est probable que le déclin progressif du sanctuaire ait été provoqué par la fondation de la nouvelle ville d’Altamura, voulue par l’empereur Frédéric II de Souabe en 1236, qui a conduit à l’abandon de l’ancienne route Bari-Matera qui avait déterminé la fortune de ce sanctuaire, en faveur d’une route plus directe vers le nouveau centre.
Après avoir été abandonnée, l’église ci-dessus tomba en ruine ; probablement à partir du XVIe-XVIIe siècle, ce qui restait de ses murs fut incorporé à la construction d’un jazzo (enceinte ouverte pour la garde des troupeaux) composé de grands et longs lamioni pour abriter, cette fois, les bergers et les animaux.
Les structures murales du grand jazzo et les grandes zones couvertes pour protéger le bétail pendant les périodes froides et pluvieuses sont des éléments particuliers des fermes aménagées pour l’élevage, liés au phénomène de la transhumance également en relation avec la proximité du tratturello n. 93 Grumo-Santeramo.
L’eau continue d’être fondamentale également pour les fonctions forestières et pastorales : une énorme citerne, située à l’est de l’ancienne église, recueille les eaux de ruissellement de pluie et les canalise depuis les toits, pour abreuver le bétail.
La ferme du complexe Sant’Angelo a connu un destin semblable à celui de nombreuses autres entreprises rurales de la région, rendues obsolètes et progressivement abandonnées en raison des nouvelles réalités économiques et productives apparues dans les premières décennies du XXe siècle.
Comme un fossile, en mémoire du culte antique, l’ancien toponyme Sant’Angelo perdure dans la topographie des lieux.